1940年贝特森来到美国，起初是以巴厘文化专家的身份在美国自然历史博物馆工作。二战爆发后，贝特森一度也曾以人类学电影分析家的身份在纽约的现代艺术博物馆工作，对德国宣传电影进行分析研究。1943年到1944年贝特森在哥伦比亚大学工作，由于哥伦比亚大学在战时和美国战略服务办公室（OSS） 签订有服务协议，和战时的许多社会科学家一样，贝特森作为哥伦比亚大学的一员（哥伦比亚大学和政府签有服务协议） 也加入了战时临时机构，进行一些应用传播的研究。1944年到1947年，贝特森主持了著名的“黑色宣传” （Black Propaganda） 项目。贝特森在二战期间的这段经历，造成了后来他对应用科学的负面评价。事实上，贝特森一开始并不愿意为军事或情报部门工作，甚至在战略服务办公室（OSS） 工作后，贝特森仍在为人类学家在战争时期把知识作为武器的行为在伦理上感到困扰。尽管米德和贝特森都对心理战中使用的欺骗感到困扰，但是米德没有贝特森严重。二战结束以后，天生乐观的米德没有失去对科学的基本信仰，她认为科学如果被负责地应用，就会促进社会问题的改良和解决。但是贝特森却为战争期间的经历深感不安，他认为将科学应用于社会具有内在的危险性，科学最大的作用是形成理解而不是促进行动。
综观整个20世纪40年代，贝特森非常重要的一个学术活动是参加了罗伯特·维纳领导的跨学科的控制论研究团队。在1942年召开的关于控制论的梅西会议上，贝特森遇到了沃伦·麦克罗齐和朱利安·比洛奇，他们开始谈论一个在学术圈尚显新潮和艰涩的概念———“反馈” （feedback）。贝特森通过对自己以往研究的反思认为其在1936年写作的人类学研究杰作《纳文》缺少的东西就是这种“反馈”的阐释框架。系统论作为一个成熟的研究领域离不开二战期间贝特森和马格丽特·米德的开创性贡献。贝特森认为，系统依赖于信息而不是能量，信息的流动最为特殊和重要，因为只有信息的流动可以从A处到B处然后再回到B处，实现循环往复而不会消泯。贝特森还发现了系统的层次和等级问题。贝特森把信息定义为“生异之异”。贝特森解释说，神经细胞只在事情发生变化的时候才向大脑报告，信息就是差异和不同。贝特森还认为，信息并不是固定不变地固守在某一个点上，信息永远都处在一个“回路” （circulation） 中。在回路中，信息不断地进行互动和影响。
1947年，贝特森和米德长达十一年的婚姻走到了终点。和米德离婚之后，贝特森在中国、缅甸、锡兰（今天的斯里兰卡）和印度都从事过短期的教学工作。等待这段仓促的旅程结束以后，贝特森前往加利福尼亚，他反叛了主流的人类学家（主要因为主流人类学家忽视他），开始研究传播学和心理学。他从洛克菲勒基金会获得资助研究“双重束缚（DoubleBind）”问题。贝特森研究了精神分裂症家庭的传播，这种传播现象被他称为“双重束缚”。双重束缚表现为传播与行为的矛盾性撕裂或是一个陈述本身暗含一个与自身主张相反的意义。此间，他还获得梅西基金会的资助用于研究精神病学。在度过这段充实的研究时光以后，贝特森来到旧金山，又进行了为期一年的动物传播研究。他曾在自己的起居室里养了一只章鱼，花费一年的时间进行观察研究。不幸的是，由于这个研究的资助中断导致了研究的流产。贝特森20世纪60年代的学术思考大多数集中在他于1972年出版
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