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，他突然产生了与父亲极为相似的情感危机。许多年以后，他在《宗教经验种种》，通过由一位匿名的法国人为他写回忆录的形式，描述了这种体验：
有天晚上，我在夜色中去一家成衣店买一件衣服，突然间，一阵可怕的恐惧感没有预先的警告就袭击了我，就像从黑暗中冒出来的一样。这恐惧感就是对自己的存在的害怕。同时，在我脑海里出现了一个癫痫病人的形象，我以前在疯人院里曾看见过他，一位长着一头黑发的青年人，皮肤发绿，完全是个傻子，整天坐在凳子上，或者坐在墙上的架板上，双腿抱膝坐在那里。这形象就是我本人，我心里在想。我害怕得发起科来。这之后，宇宙对我的意义完全改变了。我每天早晨醒来时，胃底会有非常可怕的恐惧感，一种我以前从不知道的人生朝露感。自那以后，我再也没有体验过了。
威廉成人后曾解释他父亲的危机，说那是对他那暴君般的父亲长期压抑住的敌对情绪总的爆发，可威廉从没有暗示过他自己的危机应作何解释。雅克·巴赞曾提出过一种假设：“人们完全可以合理地猜想，这是因为无法忍受的压力所致，因为他无法反叛一位从没有对他施过暴而只有爱的父亲。”
这次攻击使詹姆斯有好几个月神情颓丧。在这个期间，他特别受到德国生理学家对世界的机械论看法的困扰，这就是他自己的父亲一向反对的加尔文教的决定论观点在科学上的等同物。如果机械主义论真实地反映了意识，那么，他所有的思想、欲望和意愿都仅仅不过是一些自然粒子间相互的影响，都是事先决定好了的；他对判定自己的行动毫无办法，就像精神病院里的那个癫痫病人一样。
最后，跟他父亲一样，他通过阅读从这阵压抑中解脱出来——不过，他读的不是斯维登堡的书，而是法国哲学家查尔斯·赫努叶论自由意志的一篇文章。詹姆斯在日记里这么写道：
（我）看不出有任何理由要把他的自由意志定义——“在我兴许会有别的思想时，偏偏保持住我选择的这个思想”——改为错觉的定义。不管怎样，我会暂时——直到明年——认为这不是个错觉。我的第一个自由意志行动将会是相信自由意志。我要随我的意志再进一步，不仅以这个意志来行动，而且还要相信它，相信我自己的真实性和创造力。
他相信自由意志的意愿果真起了作用，他开始慢慢恢复了，虽然他的身体状况一辈子都是脆弱的，而且他还时不时地有短暂的压抑情绪出现。他在接下来的两年时间里进行了生理学和生理心理学的广泛阅读，使心理健康也得到恢复。1872年，他快30岁的时候经济上还依靠父亲的支持，而且对未来也没有什么计划，这时，哈佛大学的校长，也是他的邻居——詹姆斯一家曾在剑桥生活了一段时间——查尔斯·埃利奥邀请他去哈佛教授生理学。他接受了，在以后的35年中，他一直呆在那里。
但不是作为一位生理学教授呆在那里的。3年后，他开始教授生理心理学课程，并开始在他与劳伦斯·黑尔的小实验室里为学生们进行演示。他继续杂乱地读书，形成他自己玄妙的心理学概念，并在下个3年时间里写了大量文章和书评，极力鼓吹他的思想。出版人亨利·霍尔特提供给他一份合同，让他写一本有关这门新的科学心理学的教科书。詹姆斯签了合同，但说了声对不起，因为他需要两年的时间才能完成该书。结果他花了12年时间，于1890年完成了该书，但是，他写作的这本书非常成功，远远超出了出版人原来的希望。
詹姆斯开始写作这本书的那年，即1878年，在另一方面也是一个里程牌。36岁时，他结了婚。尽管他相信自由意志，可是，他好像已经是某种在配偶的选择上不是位自由的代理人。两年之前，他父亲从波士顿激进者俱乐部开会回来时宣布，他已经遇到了威廉的未婚妻，即艾丽丝·吉本斯，波士顿的一位小学教师和小有成就的钢琴家。威廉尽管是拖着两条腿去见她的，可是，一旦见到，树已成船，生米搞成了熟饭。追了很长一段时间后，艾丽丝成了他忠实、坚强的妻子和好帮手，她成了5个孩子的母亲，抄写员和终身的智力伴侣。她欣赏他的天才，理解他的情感需要和气质上的反复无常，而且，尽管有很多时候是剑拨弩张，关系不轻松得很，特别是在威廉每次要进行长时间旅行之前——他有时需要分开一阵子——但是，他们是一对忠实和互敬互爱的夫妻。
一旦结婚后，詹姆斯还残留着的一些神经和生理上的症状就开始减轻了，尽管他的身体总不是尽善尽美的，不过，他对生活的态度却是大为转变了，那种热情和能量是以前都没有体验过的。他最后终于成了一位经济独立、有自己的身份的男人，有家，有收入，有追求自己的目标的自由。两年后，哈佛承认了他的特别兴趣和才干，让他当上了哲学系副教授（他对心理学持有的大观点在这个系里更合适一些，而不是生理学系
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