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詹姆斯还很清楚无意识在非正常人心理学中的特殊现象的作用，比如，引用了法国心理学家艾尔弗雷德·比奈报告的一些歇斯底里盲目的例子：“比奈先生发现，他病人的手无意识地写下他们的眼睛正在无效地努力着要‘看见’的东西。”可是，詹姆斯的注意力集中在有意识的心理生活上，他不能想象完全无意识的知识；他感觉到，不管什么形式，不管在什么地方，所有的知识都是有意识的。他跟随另一位法国当代人，即彼埃尔·让内的思想，认为这样的些似是而非的无意识知识都是一种分裂人格的结果；主要的人格没有意识到的东西，却是为分裂的第二人格所“意识到”的东西。
詹姆斯以同样的方式解释催眠状态下的某些方面，特别是催眠后的暗示，在这样一些情形之下，病人在恍惚的状态中接受了一些指令，在醒过来之后就执行这些指令，可还是对按照指令所进行的事情一无所知。分裂的人格假设是很差的，非常有限，而且经不起实证的检验，可是，詹姆斯在无意识作为一种现实被普遍接受很早之前表达这个观点的时候至少承认，某些精神状态是发生在主要的意识之外的。
在《心理学原理》出版之后的许多年里，詹姆斯扩大了他的无意识观点，并依靠这个扩充来解释梦幻、自动写作、“魔鬼附体”和《宗教经验种种》中报告的许多神秘体验。弗洛伊德已经开始发表自己有关无意识的一些观点了，可詹姆斯不一样，他不认为无意识是动机的来源，或者是思维想从意识中驱除不能为社会所容忍的性愿望的方法。可是，早在1896年，詹姆斯就讲到了弗洛伊德发现的歇斯底里症状减轻办法的可能用途，而且，在听说1909年弗洛伊德在克拉克大学讲演后，他说：“我希望弗洛伊德及其弟子们能够把他们的思想运用到极致……他们一定会对人类本性的理解投下一线曙光。”
情绪：詹姆斯提出过一个很不起眼的理论，这个理论远远没有前面所述的大部头理论著名，但却引向了更多的研究。这就是他的情绪理论，它很简单，但也同样具有革命性。我们感觉到的情绪，并不是引起像快速跳动的心脏或者汗流不止的手掌这类肉体症状的那些东西，反过来，是对外部刺激产生反应的神经系统产生这些生理症状的，而我们对这些生理症状的感知就是我们叫做情绪的东西。这个说法如此有趣，如此具有说服力，它值得我们长篇大段地引用它：
我们自然的思维方法……就是，对一些事实的心理感知激发心理叫做情绪的心理效果，而后面的心理状态又会产生肉体表达。我的理论正好相反，即说是，肉体的变化直接跟随对引起刺激的事实的感觉，而且，我们对这同一些变化的感觉就是情绪。常识说，我们失去了财产，我们会痛苦和哭泣；我们会见一头熊，会感到害怕而逃走；我们受到竟敌的侮辱会生气，然后反击。这里要辩护的假设说，这个顺序是不对的，一个心理状态并不是直接由另一个心理状态引发的肉体的表达必须首先放在中间，更为合理的表述应该是，我们感到难过，因为我们哭了，感到愤怒，是因为我们反击了，感到害怕，是因为我们在发抖。
他把这个理论建立在内省的基础上，人们只需要仔细地朝里瞧一瞧就知道，人们的情绪是从生理表达中发展而来的：
如果没有跟随感知而来的身体状态，则感知在形式上就会是纯粹认知性的、苍白、无颜色、缺乏情感的温暖。我们也许会看见这头熊，并想着最好是逃走省事，接受侮辱并觉得奋起反击是正确的，可是，我们不应该在事实上感到害怕或者愤怒。
几乎就在同时，同样的理论由一位丹麦生理学家卡尔·朗格提出来了，他的工作詹姆斯是予以了承认的。尽管他和朗格并没有在这个理论上进行合作，但它很快便被确认为詹姆斯－朗格理论，并在今天的教科书中以这个名字进行讨论。
这个理论有一个奇怪的历史。它很快引起争议和研究，最终被认为在许多方面是错误的。沃尔特·坎农是位哈佛生理学家，他在1927年显示，有些不一样的情绪都伴随有总体上是同样的身体反应；生理反应不一定具体到能够解释不同情绪的程度。比如说，愤怒和害怕都伴有心跳加速和血压升高。另外，坎农说，内脏反应时间很慢，但情绪反应却经常是立即产生的。坎农的结论是，情绪刺激会激发丘脑（更新的研究已经精确地指出了下丘脑和边缘系统）；从大脑开始，信息会向外发出，一方面向自动的神经系统，从而在此生成内脏变化，一方面向脑皮质层，在这里生成情绪的主观感觉。
可是，詹姆斯－朗格理论仍然受到心理学家们的高度注意。它在假定情绪有生理成因上是正确的，尽管现在这些成因都被确认为自动的神经过程而不是内脏变化。而且，尽管这个理论有不精确之处，它还是具有实际的应用的。我们可以控制对刺激的生理反应，也就可以在同样程度上控制联
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