自我分析在词汇上可能是个矛盾。一个人怎么可能指导又被指导呢？同时既是分析师又是被分析者？一个人怎么可能既是病人也是治疗者，他这个病人是怎样把感觉传过去给自己的医师来分析的？可是，没有任何人受过这样的培训，或者有资格去当弗洛伊德的分析师，他只好自己来做了。可是，在某种程度上，他请威尔汉姆?弗里士来做他的代理分析师，因为他对威尔汉姆有很强的依赖感。弗里土虽然是位耳鼻喉科专家，可他也有很多方面的兴趣，包括心理学，还就此发展过自己的一些理论，有些理论非常不错，还有一些是神密和荒诞的。弗洛伊德经常和定期给弗里士写信，把他的研究和自我分析当中发生的一些事情告诉他，还不时地与他见面，就是弗洛伊德所谓的“开会”──两人聚在一起两三天，激烈地讨论他或者弗里士的工作和理论。弗里士给弗洛伊德的回信不复存在，他们在聚会中的谈话也没有记录留下来。可是，一般相信，他在自我分析中是帮了忙的，或者至少，弗洛伊德在把自我分折的结果告诉一位可信赖的人的时候，是理清了自己的思路的。一连数年，弗洛伊德每天花时间用自由联想和对每天晚上做的梦的检查，来寻找隐藏的回忆、早期的经历和隐藏在每天的愿望、情感、说话走题和很小的记忆消失后面的一些动机。他要了解自己，并且通过他自己来理解全人类共通的心理现象。“这种分析比任何别的分析都要因难些，”他在这个过程的早期对弗里士说，“可我相信，应该做这件事，而且也是我的工作当中一个必须经历的过程。”一次又一次，他以为已经做完了，哪知发现并非如此。一次又一次，他走入了死胡同，努力找寻一个出口──终于找到了，如他后来在一封信中所言：“在我的内心，我现在体会到了我自己作为第三方看到在我的病人身上所经历的所有事情──一天接一天，我陷入情绪的谷底，因为这天的梦、幻想或者情绪我一点也没有理解，可在别的日子里，当一束亮光把一种连贯带到图景之中时，以前消失的一切又一次作为目前的铺垫而显示出来。”
毫不奇怪，这工作很难做。他是在揭示他自己的“粪堆”，如他所言，是一些因为令人难堪或者会产生内疚感而深藏起来的记忆，比如他在儿童期对一位兄弟的妒嫉（他在摇篮期就死掉了，从而在弗洛伊德的心中留下了永恒的内疚感），他对父亲又恨又爱的矛盾感情，而且特别是有一个时期，约在两岁半的时候，他看见自己的母亲光着身子，而且自己有了性冲动。
欧内斯特?琼斯在他为弗洛伊德写的一篇划时代的传记中说，这次自我分析并没有产生什么神奇的效果，弗洛伊德的精神毛病和对弗里士的依赖，实际上在一些令人烦心的材料曝光出来的头一年左右就已经非常明显了。可是，到1899年的时候，弗洛伊德的症状有了很大的好转，感觉比四五年以前好多了。到1900年，这个任务已经在很大程度上完成了，不过，在他后来的一辈子当中，他还是坚持把每天最后半个小时用来分析自己的情绪和体验。这次自我分析，据大多数弗洛伊德研究学者的说法，尽管不太完善，可产生了很多个人好处，而且得出了一个更大的成果。弗洛伊德通过这个方法形成了很多有关人类本质的系列理论，或者确证了他与病人在一起时体会到的一些理论。
这些理论当中最重要的一个是，儿童，哪怕是在其早年，的确就存在很强烈的性感觉，他们特别容易包含受到父或母的性吸引，通常都是与自己性别相反的父或母。可是，儿童感觉
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