来越难相信父亲对女儿的倒错性行为普遍到了那种程度。由于在无意识当中没有无可争辩的真实指示出来，这些有关受引诱的回忆也许是编造出来的。这个想法真令人灰心丧气，他以为是一项重大发现和“几千年来一个老问题的治病良方”的东西竟然可能是个谬误。尽管到目前，他已经把家庭成员不断增多的家搬到了伯格斯19号一个宽敞的公寓里，而且进展非常顺利，可以享受一份安宁的生活，每年去一次意大利，可是，他还是有很多其它的原因使自己感到很压抑和焦躁不安。1896年，他父亲去世，这件事对他的影响比预期的大得多（他感到自己“被连根拨起”）；布罗伊尔对他的一生帮助甚多，可不能够接受他越来越激进的精神病理论与治疗方法，他们之间的友谊分崩离析；尽管他在大学里一直担任着神经病理学讲师的职位，虽然十多年来不拿工资，可这是份值得人尊敬的工作，但是，他一直就没有被评为更受人尊敬的教授，否则会对他的事业大有帮助。因为所有这些原因，弗洛伊德的精神症状开始加剧，特别是他对钱的事情担心，对心脏病的担忧，挥之不去的死亡念头，还有对旅行的害怕，这使他不可能去参观罗马，尽管他极想去，但一想到这一点他又产生了无法解释的恐惧感。
1897年夏天，41岁的弗洛伊德开始对自己进行心理分析，企图理解并解决掉自己的精神毛病。从某种程度上来讲，他在分析自己的一些梦的时候已经开始这样做了，可是现在，他每天耽于对自己的详细分析，非常卖力，非常有系统。笛卡儿、康德和詹姆斯──甚或还有苏格拉底──都曾检查过他们各自的意识思想，可只有弗洛伊德想到要去揭开自己的无意识思想的秘密。
自我分析在词汇上可能是个矛盾。一个人怎么可能指导又被指导呢？同时既是分析师又是被分析者？一个人怎么可能既是病人也是治疗者，他这个病人是怎样把感觉传过去给自己的医师来分析的？可是，没有任何人受过这样的培训，或者有资格去当弗洛伊德的分析师，他只好自己来做了。可是，在某种程度上，他请威尔汉姆?弗里士来做他的代理分析师，因为他对威尔汉姆有很强的依赖感。弗里土虽然是位耳鼻喉科专家，可他也有很多方面的兴趣，包括心理学，还就此发展过自己的一些理论，有些理论非常不错，还有一些是神密和荒诞的。弗洛伊德经常和定期给弗里士写信，把他的研究和自我分析当中发生的一些事情告诉他，还不时地与他见面，就是弗洛伊德所谓的“开会”──两人聚在一起两三天，激烈地讨论他或者弗里士的工作和理论。弗里士给弗洛伊德的回信不复存在，他们在聚会中的谈话也没有记录留下来。可是，一般相信，他在自我分析中是帮了忙的，或者至少，弗洛伊德在把自我分折的结果告诉一位可信赖的人的时候，是理清了自己的思路的。一连数年，弗洛伊德每天花时间用自由联想和对每天晚上做的梦的检查，来寻找隐藏的回忆、早期的经历和隐藏在每天的愿望、情感、说话走题和很小的记忆消失后面的一些动机。他要了解自己，并且通过他自己来理解全人类共通的心理现象。“这种分析比任何别的分析都要因难些，”他在这个过程的早期对弗里士说，“可我相信，应该做这件事，而且也是我的工作当中一个必须经历的过程。”一次又一次，他以为已经做完了，哪知发现并非如此。一次又一次，他走入了死胡同，努力找寻一个出口──终于找到了，如他后来在一封信中所言：“在我的内心，我现在体会到了我自己
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