可是，他发现，医学对他没有什么智力上的吸引力，而且从实际工作上来讲，他也觉得前途暗淡。在医学培训中选，他开始受到恩内斯特?布吕克的强烈影响，布吕克是生理学教授，还与艾米尔?布瓦雷蒙德一起是伯林生理学协会的共同发起人，这是当时统领了整整一代心理学人的机械论一生理学派的核心。弗洛伊德对布吕克的生理心理学讲演产生了深刻的印象，也受到他热情和长者风度的吸引。布吕克比弗洛伊德长近40岁──如他自己的父亲一样──他对自己这位聪明的年轻学生产生了个人兴趣，并成了弗洛伊德科学上的师长和生活中的父兄。弗洛伊德后来说，布吕克“在我的一生中的重要程度胜过任何人”。这句话，对一位花了近50年时间形成一门与布吕克完全不一样的主观内省心理学的人来说，确属不易。
可是，弗洛伊德对内省法的关心还是以后发生的事情。他作为一位严肃认真，勤奋好学的医学学生，还没有时间或者兴趣来研究内视心理学。的确，他被生理心理学深深吸引，甚至推迟自己的医学研究而去布吕克的生理研究院进行研究工作。在这里，人们想象总会躲在一张躺椅后面听精神病人唠叨的这个人，把6年的大部分时间花在实验室的工作台上，解剖鱼类和龙虾，追寻它们的神经通路，透过显微镜观察神经细胞。
他醉心于学术上的生理心理学，希望成为一名生理学家而进行纯粹的研究。可布吕克却建议他不要这样做。弗洛伊德没有钱──他还住在家里，靠他父亲供养──当时，从事纯科学研究对一个没有额外进项的人来说是不可能的，除非他能够指望在学术上取得很高的地位，对于一个犹太人来说，他不可能做到这一点。弗洛伊德放弃了这个梦想，勉强完成了医学课程，1881年拿到了硕士学位。
他在这个研究院呆了一段时间，可第二年，他邂逅并爱上了妹妹的一个朋友，是位名叫玛莎?伯思雷的姑娘，不久就提出了结婚的事情。她被这位偏黑的年轻漂亮医生所吸引，并接受了他的求爱，不过，他只能在自立并保障一个妻子和家庭的生活之后才能结婚。对他最为合适的可行办法是去一家私立诊所，可他需要在一个他可以忍受的专业当中获取临床经验和培训。神经学是离神经科学最近的一个专业，因此，他离开了布吕克的学院，加入了维也纳总医院，在当时世界最有名的脑解剖学家西奥多?梅那特的指导下学习。在接下来的3年时间里，他对诊断不同类型的脑损伤和脑部疾病有了相当的专业经验。（在这期间，几乎每个人都知道，弗洛伊德进行了可卡因的短期试验。他自己使用了可卡因，并在医学圈里鼓吹它的止痛和抗抑郁作用，直到发现一位上了瘾的朋友遭受其毁灭性的毒害之后，他才戒掉了。可是，为时已晚，他已经在当时的维也纳医学圈子里遭到了怀疑。）
他在总医院的艰苦工作是孤独而令人倒志的；玛莎?伯思雷跟她母亲一起生活在汉堡，而弗洛伊德很长时间才能偶尔看一看他的情人，再后来在一起的时间就越来越短了。他们靠鸿雁传书，几乎每天一封，他在情意绵绵、充满爱意的长篇情书里把自己称作在私营医院的神经科学家西格蒙?弗洛伊德博士，薪水很多，幸福地与心爱的玛莎结婚成家。只在很少几封信中，他才透露出了内心的狂乱（例如：“一直以来，我感到无所适从，接着是没完没了的情绪低落，一天接着一天，像是一种反复发作的疾病，看不出有什么明显的原因。”）可是，信中没有任何暗示，预示他日后会搜寻自己的灵魂，以理解自己感到压抑的根
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