他父亲再也没有听说过），可是，他却雄心勃勃准备大干一番。
一开始他选了哲学作为专业，可马上认识到他真正关心的是心理学，于是便转了系。他学习非常刻苦，并靠干好几份零活来养活自己：他在寄宿区当侍应生，在心理学系当管楼人，在一个实验室里照管老鼠。有一阵子，因为焦虑和无法睡眠，他患上了精神症，只得花一个月时间去乡间疗养。换了别人，在这次经历之后，也许会开始寻找自我并产生对内省心理学的兴趣，而沃森却在1901年和1902年之间的冬季进行了他的博士论文研究，即幼鼠的大脑发展水平与如何跟学习迷宫和打开门取食物有关系。从一部分来说，他只是在追赶当时最新的心理学潮流（桑代克已于4年前宣布了他的迷宫箱发现成果），可是，从另一部分来说，他是在选择自己觉得志趣相投的心理学：
“在芝加哥，我试着思考以后才提出来的一些观点。我从不想使用人类当试验对象。我不喜欢当试验对象。我不喜欢给受试者们下的一些乏味和虚假的指令。我总是不舒服，而且表现不自然。可跟动物相处就不然。我感觉到，在研究它们的时候，我会站在坚实的大地上靠近生物学。一个想法越来越多地自我表现出来：别的学生通过观察者发现的一些东西，我难道就不能靠观察动物的行为找到吗？”
沃森在芝加哥做的工作非常优秀，他毕业的时候，系里给了他一份实验心理学助教的职称。仅两年之后，他就被提升为讲师，再过两年，选为副教授，一年之后，他30岁，被授予约翰?霍普金斯大学的心理学教职，且得到一份当时（1908年）非常可观的收入：3500美元。
他快速的提升有一部分归因于小心养成的与人周旋的能力，可是在更大的程度上却是因为他在动物学习方面杰出的实验工作。他教老鼠穿出了仿照亨利八世于伦敦郊外的皇家行宫汉普顿宫制作的微型复制品迷宫。开始，老鼠们需要半个多小时的时间才能找到出口，可是，经过30次的尝试之后，它们可以在10秒钟内直奔出口。它们是通过什么办法知道路线的？为了找出原因，沃森先拿去了它们的第一个感觉提示，接着再拿去一个，以了解是哪一个对迷宫学习至为关键。他把一些经过培训的老鼠的眼睛蒙上，它们的动作水平立刻降下来，可又立即恢复到以前的水平了。他冲洗迷宫道，以去掉味道的提示，可经过培训的老鼠同样跟以前一样干得好。他用外科手术破坏了一些未经培训的老鼠的嗅觉，可是，它们跟未受损坏的老鼠一样稳定地学会了走迷宫。沃森下结论说，肌肉运动觉提示──即肌肉的感觉──是学习过程的关键因素。通过这样一些研究，通过他对桑代克和其它客观主义者的工作的了解，沃森否定了所有有关隐形精神过程的猜想，开始形成一种新的、完全以可观察到的行为为基础的心理学。他于1908年和1912年（在1912年他与詹姆斯R?安吉尔各自独立地提出了“行为主义者”这个词）的心理学大会上首先提出了这些观点．1913年还写了一篇文章，发表在（心理学评论）上，它经常被人称作“行为主义者宣言”，正式揭开了心理学史上行为主义时代的序幕。
这份“行为主义者眼中的心理学”的宣言一开始就宣布与所有处理精神过程的各心理学学派脱离关系。
行为主义者眼中的心理学是自然科学当中一种完全客观的、实验性的分支。它的理论目标是要预示并控制行为。内省并不成为其方法论中必需的部分，其数据的科学价值并不依赖于人们是否乐意以意识的术语来解释。
他在三句话里宣布了三个革命性的原则：
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