阿奎那因此就调和亚里士多德的心理学和基督教教理，因为亚里士多德心理学不允许个人死后还有生命存在的说法，而基督教教理却坚持认为这是铁定的事情。然而，为了让容易消逝的“可能智力”成为一种我们可以通过它来创造思想的机制，他从自己的心理学中排斥走了神秘柏拉图主义关于天生思想的说教。他跟亚里士多德站在一起，认为婴儿的意识就是白板一张，它具有从经验中抽取思想的能力。天生思想的教条会在以后的一些世纪里毒害心理学，可是，它并非阿奎那所为。
可是，他的确区分了从肉欲中产生的欲望和从性情暴躁中产生的欲望，这对概念他是从加伦处学来的，而加伦又是从柏拉图那里得来的。阿奎那比先辈更细致地发展了它，通过定义、演绎和常识来组织材料。其概要如下：当肉欲是因一件好事而起时，我们会感到像爱、欲望和欢乐这样一些情绪；当它是因为一件邪恶的事情而起时，则我们会感到仇恨、厌恶和悲伤。当性情上的欲望被很难得到的好的事情唤起时，我们会感到希望或者绝望；当被一件邪恶的事情唤起时，则会有勇气、恐惧或者愤怒。
对情绪的这种分类，尽管它好像是人为的，而且在今天听起来也有点假道学的味道，可是，它确是较为系统一些，也比以前任何一位哲学家的观点要透彻一些。更为重要的是，阿奎那以近乎现代的程度强调快乐和痛苦是情绪的基本构成材料，为此，他应该得到荣誉。
在就意志这个话题的讨论中，阿奎那按照教理的要求强调说，意志的自由确存在。可是，他说这话的前提是从亚里士多德心理学得到的。首先，他就理智的本质比意志“更为神圣和崇高”这个论断进行了深奥难懂的形而上的推理。而后，他更为直露一些地说，理智决定什么是善的，而意志却寻找满足对此物体的欲望。我们禁不住奢求欲望所需的物体，我们在决意为这些欲求做什么的时候也是自由的，可是，意志从属于智力，它会决定什么应该去追求，什么应该去避开。（如果我们决意去做邪恶的事情，那是因为没有真正的理解。）可是，有一种情况下，意志是比理智更好的一位裁判：
“如果所欲求的目标比灵魂崇高一些，其本质是在里面由理智来理解的，则意志比理智崇高……爱上帝要比仅仅知道上帝好得多；反过来说，只理解有形的物体要比爱有形的东西好得多……通过爱，我们紧靠着以卓越的形式升起在灵魂之上的上帝，在这个情况下，意志比理智崇高。”
这又一次证明了阿奎那在信仰和理智之间的调和。他的目标是要利用自然的理智来证明天主教信仰的真理，可是，如三位一体、化身、最后审判以及上帝的本质等的神秘性却不能通过感官或者理智的证据来演绎，而只有通过信仰来认知。因此，他就确立了一个二重的认识论：我们通过经验和理智认知一些事物，而其它的事物却只有通过启示来做到。这种自然主义心理学与基督教迷信思想的混合物会对后世的许多信仰者带来安慰，却对科学心理学的发展造成了长期的阻碍。因此，阿奎那对心理学的影响既是积极的，也是消极的。在他把感觉和理智描述成我们籍以获取知识的途径时，他也提供了一个基础，在这个基础上，心理学有一天会获得一种实验的、科学的世界观。
可是，在他把更高级的智力作用描述成永生不死的东西，以及坚持说某些知识只能通过信仰来获取时，他就使超自然主义对心理学的控制延长了更多的时间。他的权威如此牢不可撼，至少是在天主教徒中，由20世纪──有一本甚至
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